每个型号的马达都有限定的功率，自动碎纸机的设计者会标出一个碎纸张数的指标，以保证机器不超负荷工作，如果使用者不按限定的指标操作，故障就在所难免，严重的还会把自动碎纸机烧毁。因此，这个限定碎纸张数的指标，就是希望从使用者头脑中形成一个行为准则，以主动的保护马达的使用寿命。好品牌的自动碎纸机还有一些安全保护、过载保护等的设施，例如：在放置不安全的时候，自动碎纸机会被强制停止工作；在长期超负荷工作的时候，自动碎纸机也会被叫停。还有，工作环境的潮湿与灰尘对自动碎纸机的电气元件的影响也很大。
使用安全要注意，要小心一些悬挂的物件，比如领带，在碎纸机工作的时候偶然地被卷入进纸口。从安全的角度考虑，碎纸机的电源开关应该在一个容易触及的地方。同样，如果办公室里有小孩的话，最好考虑他们够不着刀刃的比较高的型号。