发动机水箱生锈、结垢是最常见的问题。锈迹和水垢会限制防冻液在冷却系统中的流动，降低散热作用，导致发动机过热，甚至造成发动机损坏。防冻液氧化还会形成酸性物质，腐蚀水箱的金属部件，造成水箱破损、渗漏。
解决水箱故障的办法主要在平日的例行检查，应该经常察看水箱是否有漏水或锈蚀现象，要按时清洗，更换或添加防冻液，以提高沸点，延长使用寿命。一般来说，行驶两万公里或一年时间就应更换防冻液。这样可以起到提高沸点，防止产生水垢、锈蚀及提升散热效果，使水泵产生润滑作用，避免与消除气泡引起瞬间高温所造成的发动机伤害。
当防冻液缺少时也尽量不要加水来添补，尤其是在夏天。因为自来水中含有的氯气成分会对水箱、发动机等系统产生腐蚀、锈蚀、阻塞，使冷却系统冷却不畅，造成发动机温度过高致使车辆损伤。