水质分析仪主要采用离子选择电极测量法来实现精确检测的。仪器上的电极：PH、氟、钠、钾、钙、镁、和参比电极。每个电极都有一离子选择膜，会与被测样本中相应的离子产生反应，膜是一离子交换器，与离子电荷发生反应而改变了膜电势，就可检测液，样本和膜间的电势。膜两边被检测的两个电势差值会产生电流，样本，参考电极，参考电极液构成“回路”一边，膜,内部电极液，内部电极为另一边。
内部电极液和样本间的离子浓度差会在工作电极的膜两边产生电化学电压，电压通过高传导性的内部电极引到到放大器，参考电极同样引到放大器的地点。通过检测一个精确的已知离子浓度的标准溶液获得定标曲线，从而检测样本中的离子浓度。
溶液中被测离子接触电极时，在离子选择电极基质的含水层内发生离子迁移。迁移的离子的电荷改变存在着电势，因而使膜面间的电位发生变化，在测量电极与参比电极间产生一个电位差。
目前生产氟离子、硝酸根、PH、水硬度（Ca 2 + 、Mg 2 +离子）、K+、Na+多参数（多项）全自动水质分析仪厂家国内较少，代表性厂家有： HC-800全自动离子分析仪（计量器具型式批准证书号：2012C206-44）（PH、氟、 硝酸盐氮）、HC-800全自动离子分析仪（PH、 氯、钠、 水硬度、钾）、HC-800全自动离子分析仪（PH、氯、钠、钾、钙）。